Ο Ουζουμάκι Ναρούτο είναι ένα δωδεκάχρονο ορφανό αγόρι, ένας εκπαιδευόμενος νίντζα, με δίψα για προσοχή και κλίση στις σκανδαλιές. Τα καμώματά του δοκιμάζουν την υπομονή του δασκάλου του Κακάσι κι εξάπτουν τους συντρόφους του, αλλά o Ναρούτο έχει βάλει στόχο να γίνει ο σπουδαιότερος νίντζα του χωριού Κονοχαγκακούρε!

Έτσι, ο γκαφατζής, αλλά ειλικρινής και με ευγενική ψυχή, ήρωάς μας δε σταματάει να κάνει πλάκες και να σκαρώνει φάρσες, αναστατώνοντας τους κατοίκους του χωριού του -και όχι μόνο-, ξεπληρώνοντάς τους την έλλειψη προσοχής που του έδειχναν όλα αυτά τα χρόνια.

Σύντομα, όμως, ο ανέμελος καιρός στην ακαδημία των νίντζα τελειώνει κι αρχίζει η ουσιαστική εκπαίδευση και οι αποστολές, που θα τον φέρουν αντιμέτωπο με τον εαυτό του και την πραγματικότητα, η οποία δεν είναι τόσο ρόδινη όσο την φανταζόταν. Παρ' όλες τις δυσκολίες του ''επαγγέλματός'' του, τις τριβές με τα άλλα δύο μέλη της ομάδας του -την πανέξυπνη Σακούρα και τον λιγομίλητο Σάσουκε-, καθώς και τους αυστηρούς αλλά και γραφικούς δασκάλους του, ο ήρωάς μας παραμένει ένα νεαρό αγόρι, χειμαρρώδης στις αντιδράσεις του και απρόβλεπτος στις εμπνεύσεις του.