Το 642 μ.Χ. ο Αραβας στρατηγός Αμρ παίρνει εντολή από το χαλίφη Ομάρ να καταλάβει την Αλεξάνδρεια και να κάψει την πλούσια συλλογή βιβλίων που υπάρχει στη Βιβλιοθήκη της, με το επιχείρημα ότι τα βιβλία βλάπτουν τα συμφέροντα του Ισλάμ.

Ο Αμρ όμως δεν είναι μόνο ένας σκληροτράχηλος στρατηγός. Είναι ονειροπόλος, ποιητής και διανοούμενος, ένας ευγενής που θεωρεί έγκλημα να καταστραφεί αυτός ο μοναδικός πλούτος γνώσεων.

Στην αντίθεσή του αυτή στις εντολές του Ομάρ, θα βρει συμπαραστάτες τρία πρόσωπα: τον Ιωάννη το Φιλόπονο, ένα χριστιανό φιλόσοφο και γραμματικό, την όμορφη Υπατία, μαθηματικό και μουσικό, και τον Ραζή, έναν Εβραίο γιατρό. Θα του διηγηθούν τη ζωή επιστημόνων, ποιητών και φιλοσόφων, οι οποίοι έζησαν και εργάστηκαν στη Βιβλιοθήκη: του Ευκλείδη αλλά και του Αρχιμήδη, του Αρίσταρχου του Σάμιου και τόσων άλλων.

Οι τρεις τους προσπαθούν να πείσουν το στρατηγό να μάθει για το περιεχόμενο των βιβλίων πριν τα ρίξει στην πυρά. Θα καταφέρουν να τον πείσουν τελικά να μην κάψει το ναό της σοφίας, τη μεγαλύτερη βιβλιοθήκη της αρχαιότητας;