Το σκοτεινό δωμάτιο αφηγείται την ιστορία τριών συνηθισμένων Γερμανών: του Χέλμουτ, ενός νέου φωτογράφου που ζει στο Βερολίνο τη δεκαετία του '30 και χρησιμοποιεί την τέχνη του για να εκφράσει το πατριωτικό του πάθος· της Λόρε, ενός δωδεκάχρουνου κοριτσιού που το 1945 διασχίζει με τα μικρότερα αδέλφια της μια κατεστραμμένη Γερμανία μετά τη σύλληψη των Ναζί γονιών της από τους Συμμάχους· και, πενήντα χρόνια αργότερα, του Μίσα, ενός νεαρού δασκάλου που κατατρύχεται από την έμμονη ιδέα του τι μπορεί να έκανε ο αγαπημένος του παππούς στον πόλεμο και που προσπαθεί να ξεπεράσει το παρελθόν, ένα παρελθόν για το οποίο δεν μπορούν να είναι υπερήφανες ούτε η οικογένεια ούτε η πατρίδα του.