H διήγηση ξεκινά με τις διαμάχες για τη διαδοχή στο θρόνο της Περσίας. Όταν ο Δαρείος ο Β' πεθαίνει, στο θρόνο τον διαδέχεται ο αδερφός του ο Αρταξέρξης. Όμως ο γιος του Δαρείου, ο Κύρος ο Νεότερος, εποφθαλμιώντας την εξουσία, συγκεντρώνει στρατιωτική δύναμη από εκατό χιλιάδες Πέρσες και δεκατρείς χιλιάδες Έλληνες, κυρίως Σπαρτιάτες, και κατευθύνεται εναντίον του Αρταξέρξη. Το 401 π.Χ. οι δύο στρατοί συγκρούονται στα Κούναξα κοντά στον ποταμό Ευφράτη. Ο Κύρος σκοτώνεται στη μάχη και ο στρατός του κατατροπώνεται. Οι Έλληνες του Ξενοφώντα απομένουν μόνοι σε μια αφιλόξενη και εχθρική γη, χωρίς τρόφιμα, με κατεστραμμένο οπλισμό, χιλιάδες χιλιόμετρα μακριά από την πατρίδα... Μέσα από αμέτρητους κινδύνους και ταλαιπωρίες, με μόνο εφόδιο το ανεξάντλητο ψυχικό του σθένος, ο Ξενοφώντας κατορθώνει να φέρει τους άντρες του από τη Βαβυλώνα στη θάλασσα, που θα τους οδηγήσει τελικά στην πατρίδα.