Αναμφίβολα, ο Αμμώνιος είναι ένα έργο αξιόλογο με ιδιαίτερη βαρύτητα για τη σύγχρονη έρευνα. Πρώτα απ’ όλα, ως ιστορική πηγή για την εποχή στην οποία γράφτηκε. Όσα διαβάζουμε στις σελίδες του αποτυπώνουν με ακρίβεια την ατμόσφαιρα στο Βυζάντιο των πρώτων αιώνων, όταν οι φιλοσοφικές σχολές είναι ακόμα ανοιχτές και συνιστούν ζωντανά κύτταρα του εκπαιδευτικού οργανισμού της αυτοκρατορίες: προσελκύουν πλήθη νεαρών σπουδαστών, οι οποίοι μυούνται στην πλατωνική και αριστοτελική φιλοσοφία με τα υπομνήματα και τα εγχειρίδια του διδακτικού προσωπικού τους. Δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι ο Αμμώνιος και ο Γέσιος, τους οποίους μας συστήνει ο Ζαχαρίας στον διάλογό του, είναι ιστορικά πρόσωπα που άφησαν ανεξίτηλο το στίγμα τους στην πνευματική κίνηση στο Βυζάντιο του εκπνέοντος 5 ου και πρώιμου 6 ου αιώνα. Το γεγονός, επίσης, ότι παρουσιάζονται στον διάλογο να συζητούν για την αιωνιότητα του κόσμου με έναν χριστιανό δεν απομακρύνεται από την ιστορική αλήθεια. Παρά τον εθνικό τους προσανατολισμό, οι νεοπλατωνικές σχολές της Αλεξάνδρειας και των Αθηνών είχαν ανοιχτές τις πύλες τους σε οποιονδήποτε ήθελε να αποκτήσει μία φιλοσοφική μόρφωση• λειτουργούσαν, θα λέγαμε, ως ένα forum ιδεών, στο οποίο ζητήματα μεταφυσικής, κοσμολογίας, ανθρωπολογίας ή ηθικής εξετάζονταν βάσει των αρχαίων κειμένων κι ετίθεντο σε διάλογο ανάμεσα σε διδάσκοντες και διδασκομένους. Η σχολή της Αλεξάνδρειας, ιδίως, η οποία αποστασιοποιήθηκε γρήγορα από τη θεουργία και τον παγανιστικό μυστικισμό της Αθήνας, υπήρξε ένας τόπος συνάντησης των οπαδών της παλαιάς και της νέας θρησκείας. Πολλοί χριστιανοί λόγιοι, οι οποίοι διέπρεψαν στον εκκλησιαστικό ή τον ακαδημα?κό στίβο, π.χ. ο Συνέσιος Κυρήνης, ο Νεμέσιος Εμέσης, ο Ιωάννης Φιλόπονος, ο Αινείας Γαζαίος ή ο Στέφανος, φοίτησαν στα έδρανά της. Και ο ζήλος τους για τη θρησκεία του Ιησού δεν τους έφερε σε σύγκρουση με τους εθνικούς δασκάλους τους, όπως στην περίπτωση του Ζαχαρία.