Η ιστορία του χριστιανισμού δεν περιορίζεται στην πυρά της Ιεράς Εξέτασης, ούτε στον εξαναγκαστικό προσηλυτισμό, ούτε στις σταυροφορίες, ούτε στη σφαγή των Εβραίων και των ειδωλολατρών. Η ιστορία του χριστιανισμού είναι επίσης και η ιστορία των επισκόπων που δημιουργούν άσυλα για την περίθαλψη των φτωχών και των ασθενών, των αγίων που αγκαλιάζουν τους λεπρούς και που αφιερώνουν τη ζωή τους στους πιο στερημένους, εκείνων που έκτισαν τους καθεδρικούς ναούς και που δημιούργησαν αριστουργήματα της τέχνης εμπνευσμένοι από την πίστη τους, των απλών και αναρίθμητων πιστών που πράττουν το καλό στο όνομα της πίστης τους.

Η μεγάλη στροφή στην ιστορία του συμβαίνει όταν ο χριστιανισμός ανακηρύσσεται σε επίσημη θρησκεία της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Από διωκόμενοι εξαιτίας της πίστης τους, οι χριστιανοί έγιναν διώκτες στο όνομα της πίστης τους. Το μήνυμα του Χριστού, ένα μήνυμα αγάπης,ελευθερίας, ισότητας, αλληλεγγύης και ανθρωπιάς, διαστρεβλώθηκε. Θα έπρεπε να περιμένουμε ώς την Αναγέννηση.

Τότε παρατηρείται το μεγάλο παράδοξο, η υπέρτατη ειρωνεία της ιστορίας. Η ανάπτυξη του εκκοσμικευμένου κράτους, τα ανθρώπινα δικαιώματα, η ελευθερία συνείδησης, όλα όσα έγιναν κατά τον 16ο, τον 17ο και τον 18ο αιώνα ενάντια στη θέληση των κληρικών δημιουργήθηκαν προσφεύγοντας έμμεσα ή ξεκάθαρα στο αρχικό μήνυμα των Ευαγγελίων.

Στη διάρκεια των τριών αυτών αιώνων, ενώ ο ίδιος ο εκκλησιαστικός θεσμός με τις πρακτικές της Ιεράς Εξέτασης σταυρώνει το κήρυγμα του Χριστού για την ανθρώπινη αξιοπρέπεια και την ελευθερία συνείδησης, το κήρυγμα αυτό θα αναστηθεί μέσα από τους στοχαστές της Αναγέννησης και του Διαφωτισμού οι οποίοι στηρίζονται στη «φιλοσοφία του Χριστού», κατά την έκφραση του Εράσμου, για να χειραφετήσουν τις ευρωπαϊκές κοινωνίες από τη μέγκενη των θρησκευτικών εξουσιών και να θεμελιώσουν τον σύγχρονο ανθρωπισμό.