Ο αφηγητής της Μερόης έχει ένα πόστο καθηγητή γαλλικών στο Σουδάν. Έχει καταλύσει στο Ξενοδοχείο των Μοναχικών αναμένοντας την αστυνομία για να λογοδοτήσει για έναν πιθανό φόνο. Περνά τις μέρες του πίνοντας λεμονάδες στο Blue Nile, μιλώντας στον Χάραλντ, έναν πελεκάνο, για χαμένους έρωτες, διαβάζοντας μια παλιά εγκυκλοπαίδεια, συναντώντας μια Σουδανή στρατιωτίνα σε κάποιο εγκαταλελειμμένο ποταμόπλοιο. Αιτία της εξορίας του στο Σουδάν η Αλφά, μια γυναίκα που τον σημάδεψε και τον εγκατέλειψε.

Το βιβλίο αναπτύσσεται σε τρεις πόλεις : Το Χαρτούμ, όπου κυριαρχεί η ανία, όπου διαβάζει και ξαναδιαβάζει τα ημερολόγια του Βρετανού στρατηγού Γκόρντον, ενός μελαγχολικού εραστή της ήττας, που μισούσε τον πόλεμο και κατέληξε να τον χάσει, μαζί με το κεφάλι του, το 1885 στο χαρτούμ, μετά από πολιορκία διακοσίων εικοσιδύο ημερών από τον στρατό του Μωχάμεντ Αχμέτ, του επονομαζόμενου Μάχντι. Ακολουθεί το Παρίσι, όπου προσπαθεί μάταια να ξαναζωντανέψει την ανάμνηση της Αλφά. Κατόπιν, η Μερόη, πόλη εξαφανισμένη στην καρδιά του Σουδάν, όπου ο αφηγητής απομονώνεται με τον Δόκτορα Βόλλεντερ, Ανατολικογερμανό αρχαιολόγο, διαλυμένο από την ένωση των δύο Γερμανιών, πιθανώς πρώην κατάσκοπο, και μάλλον δολοφόνο, που σκαλίζει την άμμο της ερήμου αναζτώντας χριστιανικά βυζαντινά μνημεία και νεκρούς πολιτισμούς, επιχειρώντας στην πραγματικότητα μιαν αυτοψία του χρόνου. " Η μελέτη αυτής της αποκλίνουσας χριστιανοσύνης, της αποκομμένης από την πηγή της, της έγκλειστης μέσα στην έρημο ".

Τέλος, το Χαρτούμ, όπου επιστρέφει στα βήματά του, στις λέξεις του, για να γράψει την ιστορία των τριών ηττημένων : του στρατηγού Γκόρντον, του αρχαιολόγου Βόλλεντερ και του εαυτού του, για να παίξει ως βιρτουόζος με τον χρόνο και τους τόπους.